| Kods | Apraksts |
| 21011111 | Pamatizglītības programma |
| 31016011 | Visparējās videjās izglitības programma |
| 21015811 | speciālās pamatizglītības programma izglītojamajiem ar garīgās attīstības traucējumiem |
| 21015611 | speciālās pamatizglītības programma izglītojamajiem ar mācīšanās traucējumiem |
| 01011111 | pirmsskolas izglītības programma |
Aglonas vidusskolas programmas akreditētas līdz 2027. gada 8. februārim.